Вследствие разрастания спор возникает колония патогенного гриба, которую можно заметить в виде темно-коричневой или черного пятна или круги на листке — такую ??колонию называют « конидии ». Конидии способны распространять следующие споры на достаточно большое расстояние с помощью ветра и насекомых, переносящих гриб во время своего перемещения на массиве или вследствие особенностей своей жизнедеятельности. Особенно активно переносят возбудителя монилиозу — плодовой гнили — бабочки яблонной плодожорки, а затем их личинки. Бактериальные поражения часто происходит локально в виде бактериального ожога листьев, стеблей и даже тонких ветвей на ягодных и плодовых культурах. Это означает, что патогенные бактерии активизировались в чрезвычайно благоприятных для себя условиях.
Вирусные заболевания встречаются не так часто, как бактериальные или грибковые, однако лечить и предотвращать их распространение очень сложно в связи с природой вирусов: они традиционно селятся внутри клеток и распространяются чрезвычайно быстро, иногда истребляя целые массивы ягодных культур на протяжении нескольких лет, а овощей — за один сезон. Для эффективного сдерживания болезней растений нужно использовать антагонистические микроорганизмы, которые являются основой биопрепаратов фунгицидной действия .