Некоторые типы загнивания плодов обусловлены определенной болезнью. В основном, для четкого определения микроорганизмов, ответственных за болезнь, нужно исследование под микроскопом.
Чечевичная, или горка, пятнистость
Чечевичную пятнистость могут вызвать три разных грибки вида Gloeosporium. Одним из самых распространенных является G. album . Споры грибка Gloeosporium инфицируют плоды через чечевичками начиная с конца июля до самого сбора. В хранилище на плодах за несколько недель или месяцев заметны круглые коричневые гнилостные пятна, постоянно увеличиваются. На участках загнивания могут образовываться споросховища, которые в G. album и G. perennnans имеют окраску от бело-желтого до коричневого, отличить их можно только под микроскопом.
Парша
Совершенная форма возбудителя — Venturia inaequalis Wint; несовершенна — Spilocaea pomi Fr.
Осенью инфекция с зараженного паршой листья могут переходить на плоды. Эти возбудители вызывают или позднюю парши, или черные пятна, количество которых увеличивается после закладки в хранилище.
Плодовая гниль (монолиз)
Возбудителями являются совершенные формы: Monilinia fructegena Honey, Monilinia laxa Honey; несовершенные формы: Monilia fructegena Pers., Monilia laxa SACC.
Плодовая гниль, или монолиз, возникает, в основном, через возбудитель Monilia fructegena . Заражение плодов на дереве проходит через небольшие механические повреждения кожуры. В хранилище кожура инфицированных плодов приобретает черный цвет и становится жесткой, как кожа. Мицелий размножается в мякоти, поэтому он сморщивается.