Стратификация семян ответственное дело. Необходимо соблюдать сроки стратификации (читайте здесь). Ваша ошибка состоит в том, что Вы рано (осенью) поставили семян на стратификацию.
Теперь необходимо положить семена в холодное помещение, можно закопать в снег, если есть в наличии, можно в холодильник и держать при температуре около нуля градусов. При первой возможности посеять в грунт.
Если небольшое количество семена начинают прорастать, можете запикируваты его как рассаду овощных культур, а остальные пророщенные заложить, как описано выше.