Наиболее распространенная и опасная болезнь чеснока — фузариоз. Ее причиной, как правило, повышенная влажность и температура выше 28-30 ° С во время созревания чеснока. Первые признаки болезни можно увидеть еще в период выращивания: листья преждевременно желтеют и отмирают, начиная с кончиков. Сам чеснок становится мягким и водянистым, корни загнивают, пораженное растение очень легко извлечь из почвы. Болезнь прогрессирует и при хранении.

Для борьбы с фузариозом самая действенная мера — выбраковка и уничтожение больных растений, использование только здорового посадочного материала, возвращение посадки чеснока на зараженную местность только через 4-5 лет.

В период хранения на зубках чеснока могут проявляться также бактериальные заболевания. Если на чесноке нет корней, а головка стала желтой и трухлявой, то можно с уверенностью сказать, что урожай поврежден нематодой. Это самый мелкий нитевидный червь, занесенный с посадочным материалом. В высохшей, пораженной луковице чеснока нематода может жить 4-5 лет. Поэтому поражен нематодой чеснок в коем случае нельзя оставлять на семена.

Очень важно правильно выбрать предшественника чеснока. При этом следует прежде всего обратить внимание на возможность поражения предшественника вредителями и болезнями, которые могут передаваться чеснока. Имейте в виду, что луковая нематода повреждает все луковичные, а также ряд других культур: петрушку, пастернак, сельдерей, редьку. Нельзя чеснок размещать после столовых моркови и свеклы, сахарной свеклы, семейства капустных, бобов. Лучшими предшественниками считают зерновые культуры, особенно озимую пшеницу, но исключают овес и ячмень.

Хорошие предшественники — озимые на зеленый корм, травы, в частности клевер и люцерна. Допустимыми предшественниками можно считать огурцы, кабачки, патиссоны.